pcr中dntp的作用(为什么pcr用dntp)
为什么pcr用dntp
dNTP,d代表五碳糖是脱氧核糖,N代表A,G,C,T,T代表3个,PCR合成中的原料是dATP,dGTP,dCTP,dTTP,相应的称呼就是脱氧三磷酸?苷,为什么加这些直接不加脱氧核糖核苷酸,因为合成过程需要能量,加以上原料既提供了脱氧核苷酸,又提供了能量(不知有没有发现,其中一个是dATP,很像ATP,里面同样有高能磷酸键可供能)
为什么pcr用三磷酸核苷酸
由于PCR引物的设计是基于模版上的一部分序列,因此需要知道模版的至少部分序列。当然也可以用随机引物或引物文库,用于一些特别的应用中。
为什么要pcr
DNA聚合酶在PCR扩增过程中只能将新的脱氧核苷酸添加到已存在的3’端,与新的核苷酸的磷酸基团形成新的磷酸二酯键。引物的作用就是,在PCR退火过程中结合到正义链上,从而提供3’端羟基。
为什么pcr用dna引物
一小段寡聚的DNA,一般有两个(一对),分为上游引物和下游引物,分别指导DNA两条链的聚合。
它们主要作用有两个,一个是和模板特异性结合来指导taq聚合酶合成所要的片段。一个是提供一个3‘端的-OH末端,只有拥有一个-OH末端,DNA聚合酶才能合成DNA。
在体内是由小段的RNA来提供的,在体外PCR试验中则用DNA,因为DNA比RNA稳定易于储存。
为什么pcr用的高保真酶还是有碱基突变怎么办
定点突变是指通过聚合酶链式反应(PCR)等方法向目的DNA片段(可以是基因组,也可以是质粒)中引入所需变化(通常是表征有利方向的变化),包括碱基的添加、删除、点突变等。
定点突变能迅速、高效的提高DNA所表达的目的蛋白的性状及表征,是基因研究工作中一种非常有用的手段。
为什么pcr用taq酶不用DNA聚合酶
在PCR技术中,引物的作用是为了使脱氧核苷酸加到模板链上,使新链延长,没有引物,DNA聚合酶是不能将单个的脱氧核苷酸加到模板链上的。 而TaqDNA聚合酶是一种耐高温的DNA聚合酶,是从美国黄石国家公园的一个热泉中的一种耐热细菌中提取的,它的作用就是将脱氧核苷酸加到模板上后,将该脱氧核苷酸与原来的脱氧核苷酸间的磷酸二酯键连在一起,使脱氧核苷酸单链向前延伸,最终形成一个新的双链DNA分子。
为什么pcr用的是cdna而不是DNA
你做的是不是RT-PCR, 这个就是以反转录得到的cDNA为模板的。
我们做的时候一般是提取植物总的RNA,然后采用Oligo(dT)或随机引物利用逆转录酶反转录成cDNA。再以cDNA为模板进行PCR扩增,主要是获得目的基因或检测基因表达,判断目的基因mRNA转录水平的相对量的变化。因为直接提取DNA的话,并不能证明该基因在其他细胞体内进行表达,通过这种方法可以克服假阳性。仅供参考。
为什么pcr用三个不同温度
pcr技术核心是利用DNA聚合酶,通过温度变化确保引物与模板同源配对,以四种脱氧核糖核苷酸为原料合成目标DNA。pcr技术有三次温度变化处理,其作用分别是:
1. 94~98℃处理,促进模板DNA变性,由双链DNA变成单链DNA;
2. 52~65℃处理,降温退火处理,促进变性的DNA与引物通过碱基互补配对,形成引物与模板结合的复合物,为聚合酶扩增奠定基础;
3. 65~72℃处理,延伸阶段,DNA聚合酶以引物为合成起始,通过与模板碱基配对,合成DNA。
为什么pcr用rna
这个是DNA聚合酶的特性决定的。DNA聚合酶要延伸DNA连,必须要有一个3`端的羟基,没有这个结构,DNA聚合酶无法合成DNA。
引物的作用,就是和DNA模板连特异性结合,为DNA聚合酶提供3`端羟基。使得PCR继续。引物是一段单链的DNA。不是RNA。
PCR有什么用
PCR在医学检验学中最有价值的应用领域就是对感染性疾病的诊断。
癌基因的表达增加和突变,在许多肿瘤早期和良性的阶段就可出现。PCR技术不但能有效的检测基因的突变,而且能准确检测癌基因的表达量,可据此进行肿瘤早期诊断、分型、分期和预后判断。
PCR技术首次临床应用就是从检测镰状细胞和β-地中海贫血的基因突变开始的。基因的突变和缺失均会引起各种珠蛋白的表达不平衡,用FQ-PCR检测各种珠蛋白基因表达差异,是地中海贫血诊断的有效手段。
关于pcr的问题
1. 引物的质量是保证PCR特异性的关键,引物过长或过短均会使特异性降低,以18~30bp为宜;引物中C+G含量宜在50%左右;引物内部和引物之间不应含有互补序列;引物的碱基顺序与非扩增区域的同源性应小于70%;引物的3’末端与模板DNA一定要配对,但末端没有严格的限制,故引物设计时可在5’末端加上限制性内切酶位点和/或启动密码ATG等;引物合成后必须纯化以去除合成产物中的不完整序列、脱嘌呤产物、碱基修饰链等“杂质”;引物的终浓度一般为0.2~0.5μmol/L,过低会影响反应产量,过高会增加引物二聚或错配的几率。
2. Taq DNA聚合酶具有5’→3’聚合酶活性和5’→3’外切酶活性,但无3’-5’外切酶活性,因此对单核苷酸的错配无校正功能,发生碱基错配的几率为 2.1×10-4左右。然而Taq DNA聚合酶的优势在于反应产量高于其他DNA聚合酶。Stratagene推出的Pfu DNA聚合酶一直是研究人员心目中最好的高保真酶,而Pfu DNA聚合酶经基因工程改造后,新创出的Pfu Ultra具有更佳的校验活力。数据显示Pfu UltraTM高保真DNA聚合酶的平均错配率为Pfu DNA聚合酶的1/3,为Taq DNA聚合酶的1/18,是目前保真度最高的PCR酶(保真度=1/错误率) (数据来源:美国冷泉港实验室)。
3. Mg2+浓度也是影响反应效率和特异性的重要因素之一。Taq DNA聚合酶对Mg2+浓度非常敏感,Mg2+可与模板DNA、引物及dNTP等的磷酸根结合,不同反应体系中应适当调整MgCl2的浓度,一般以比 dNTP总浓度高出0.5~1.0mmol/L为宜,Mg2+过量能增加非特异扩增。
4. dNTP的浓度过高会增加碱基的错误掺入率,使反应特异性下降;过低则会导致反应速度下降。使用时4种dNTP必须以等当量浓度配制,均衡的dNTP有利于减少错配误差和提高使用效率。
5. 温度循环参数中应特别注意复性温度,它决定引物与模板的特异性结合。退火复性温度可根据引物的长度,通过Tm=4(G+C)+2(A+T) 计算得到。在Tm允许的范围内,选择较高的退火温度可大大减少引物与模板之间的非特异结合。
6. 减低污染的常规措施:①将PCR试剂、PCR产物及其他分子生物学试剂分开放置;②应保持样品制备、PCR反应液配制与PCR产物分析三个工作区的独立性;③使用阳性和阴性对照;④使用最高质量的水配制PCR实验的所有反应试剂;⑤配制好的PCR反应试剂应分成小包装储存,每个包装仅用于单次实验;⑥制备样品、配制试剂及反应液时必须戴手套;⑦实验前一定要认真清洁加样器等。