护碱基的作用(保护碱基添加原则)
保护碱基添加原则
DNA合成，新链的延伸方向是5→3 因此，需要在5端加上酶切位点 酶切位点可以上网查 同时，记得再加上一些保护碱基 因为内切酶除了有特异的识别位点之外，还需多几个无需特异性的碱基提供一个platform让它可以结合上去，否则会掉下来 保护碱基的具体数目可以上NEB的网站查 那么，引物的结构就是（5→3）：保护碱基+酶切位点+原来的引物序列
碱基遵循什么原则
DNA，RNA各有4种碱基。4种碱基好比四种颜色的糖，把糖放成一排，哪种颜色在前在后，就是排列的顺序了。
生物学不谈碱基的排列顺序,只谈碱基对的排列顺序,因为DNA是双链结构,且遵循碱基互补配对原则,成对的碱基即碱基对才有意义,碱基对的排列顺序代表遗传信息,四种：A-T,T-A,C-G,G-C
A在左边和T在左边效果不一样,会造成DNA的不同。
引物加保护碱基
如果要加在序列的5'端，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的5'端加上相应的碱基（黑色），相同如果要在3'端加保护碱基，就在酶切位点识别碱基序列（红色）的3'端加上相应的碱基（黑色），切割率：正确识别并酶切的效率。加保护碱基时最好选用切割率高时加的相应碱基。
保护碱基添加原则有哪些
保护碱基 限制性内切酶识别特定的DNA序列，除此之外，酶蛋白还要占据识别位点两边的若干个碱基，这些碱基对内切酶稳定的结合到DNA双链并发挥切割DNA作用是有很大影响的，被称为保护碱基。 在分子克隆实验中，有时我们会在待扩增的目的基因片段两端加上特定的酶切位点，用于后续的酶切和连接反应。由于直接暴露在末端的酶切位点不容易直接被限制性核酸内切酶切开，因此在设计PCR引物时，人为的在酶切位点序列的5‘
端外侧添加额外的碱基序列，即保护碱基，用来提高将来酶切时的活性。 其次，在分子克隆实验中选择载体的酶切位点时，相临的两个酶切位点往往不能同时使用，因为一个位点切割后留下的碱基过少以至于影响旁边的酶切位点切割。
保护碱基添加原则是什么
原位合成芯片是指将多个寡核苷酸片段用单核苷酸底物直接合成到载体的特定位置上制备的芯片，主要包括以下几种制备方法。 美国NimbleGen公司用独特的光导合成化学结合无掩膜阵列合成技术(MAS)。MAS系统包括无掩膜的光发射机、反应腔、DNA合成仪和电脑等，系统的核心是一个数码微镜装置(digital micromlrror device，DMD)，创造了虚的掩膜代替传统的物理掩膜。这些“虚的掩膜”能反射紫外光的模式，该模式通过选择性地在精确位置上切割紫外标记的保护基团来去保护新生寡核苷酸，并使下一个碱基加上去。这种方法可以合成长达60个碱基的寡核苷酸片段，一张芯片上可以合成38万个寡核苷酸。 传统复合材料制备方法有粉末冶金法、喷射成型法和各种铸造技术即模压铸造、流变铸造和混砂铸造等[。所有这些方法是将事先制备好的增强相加入处于熔融状态或粉末状态的基体材料中,于是传统的增强相被称为外加的。外加法制备的复合材料存在增强体颗粒尺寸粗大、热力学不稳定、界面结合强度低等缺点。为了克服这些缺点,近年来出现了原位合成技术,即在一定条件,通过化学反应,在基体内原位生成一种或几种增强相(如TiB2、Al2O3、TiC等) ,从而达到强化的目的。这种方法可得到增强颗粒尺寸细小、热力学性能稳定、界面无污染、结合强度高的复合材料,是一种有前途的颗粒增强复合材料制造工艺。原位合成法常用于碳纳米管的强韧化工艺中。对碳纳米管进行羟基磷灰石包覆利用的就是原位合成法。 在生物基因工程领域，生物芯片制备中材料的固定方式主要包括原位合成法和点样法两种，点样法又分为接触式点样法和非接触式点样法。原位合成法主要用于基因芯片的制备，点样法可用于基因芯片和蛋白质芯片的制备。细胞芯片主要是通过细胞本身的贴壁生长来完成固定。组织芯片通过一些黏性溶剂(如石蜡)使组织切片固定在载体上。某些微流体芯片不需要材料的固定，只是通过硅材料上大量的微通道来完成检测，另外一些微流体芯片通过特殊的作用(如蛋白质的特异性结合、序列互补DNA片断等)把材料固定在微粒上来完成检测。在此我们主要介绍原位合成技术和直接点样技术。 原位合成是直接在固体基质上用4种单核苷酸合成所需的DNA片段。Affymetrix公司的GeneChipTM是高密度寡核苷酸微阵列原位合成的代表，制造工艺采用原位光刻合成。其他原位合成制造工艺还有光敏抗蚀层并行合成法
保护碱基的选择
限制性内切酶识别特定的DNA序列，除此之外，酶蛋白还要占据识别位点两边的若干个碱基，这些碱基对内切酶稳定的结合到DNA双链并发挥切割DNA作用是有很大影响的，被称为保护碱基。
原理：
在分子克隆实验中，有时我们会在待扩增的目的基因片段两端加上特定的酶切位点，用于后续的酶切和连接反应。由于直接暴露在末端的酶切位点不容易直接被限制性核酸内切酶切开，因此在设计PCR引物时，人为的在酶切位点序列的5‘端外侧添加额外的碱基序列，即保护碱基，用来提高将来酶切时的活性。
其次，在分子克隆实验中选择载体的酶切位点时，相邻的两个酶切位点往往不能同时使用，因为一个位点切割后留下的碱基过少以至于影响旁边的酶切位点切割。
添加原则：
添加保护碱基，需要考虑两个因素：一是碱基数目，一是碱基种类。
添加保护碱基时，最关心的应该是保护碱基的数目，而不是种类。什么样的酶切位点，添加几个保护碱基，是有数据可以参考的，见附表。
添加什么保护碱基，如果严格点，是根据两条引物的Tm值和各引物的碱基分布及GC含量。如果某条引物Tm值偏小，GC%较低，添加时多加G或C，反之亦反。
保护碱基加在哪边
不能的，要先酶切后才能连接，而且酶切位点前还得加保护碱基，否则内切酶无法识别序列，导致无法剪切